Фамилия Пыгина — женская форма фамилии Пыгин, и её происхождение, скорее всего, связано с прозвищем или мирским именем Пыга. В основе лежит диалектное слово «пыга» — в архангельских и вологодских говорах так называли нарост на дереве, кап, или просто шишку. Прозвище Пыга могли дать человеку с заметной особенностью внешности (например, с шишкой на теле) или, в переносном смысле, упрямому, «шишковатому» человеку.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Пыгин буквально означал «сын Пыги» или «из семьи Пыги». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имён, оканчивающихся на -а, -я. В этом случае фамилия не имеет дворянского или боярского происхождения — она из крестьянской или посадской среды, где прозвища были особенно живучи.

Встречается и другая, менее вероятная версия: связь с глаголом «пыгать» — в некоторых говорах это означало «брыкаться», «лягаться» (о животных). Тогда Пыгой могли прозвать человека с беспокойным, своенравным характером. Однако версия с «наростом» выглядит более обоснованной — такие прозвища по физическим признакам давали чаще, чем по редкому диалектному глаголу.

Фамилия Пыгина не относится к числу распространённых и имеет отчётливую северную окраску. Встречается преимущественно в Архангельской, Вологодской и Кировской областях — на территориях, где сохранились древние новгородские говоры. В старых переписных книгах XVII–XVIII веков можно найти крестьян Пыгиных в Шенкурском и Холмогорском уездах. Таким образом, предки носительницы фамилии Пыгина, скорее всего, были северными русскими крестьянами, а сама фамилия — потомком меткого прозвища, данного по внешности или характеру.