Фамилия Пыкин напрямую связана с неканоническим, «охранительным» именем Пыка. Так в старину родители нарекали ребёнка, чтобы обмануть злых духов: давали заведомо неблаговидное прозвище, надеясь, что мальчик вырастет красивым и здоровым вопреки «дурному» имени. В основе, по наиболее вероятной версии, лежит украинское слово «пика» — некрасивое лицо, рожа, харя. Надеясь на обратное, сына могли ласково или нарочито грубовато называть Пыкой, а его потомки уже автоматически становились Пыкиными.

Словообразовательная модель здесь простая и прозрачная: суффикс -ин указывает на принадлежность к отцу. Если глава семьи носил прозвище Пыка, то дети и домочадцы записывались как «Пыкины дети», а позже за ними закрепилась и сама фамилия. Такой тип фамилий — от мирских имён с суффиксом -ин — один из самых древних на Руси, он встречается повсеместно, но особенно часто в северных и центральных русских говорах.

Интересно, что прозвище Пыка могло иметь и второе значение, связанное с глаголом «пыкать» — то есть задыхаться, пыхтеть, тяжело дышать. В этом случае имя закреплялось за человеком с характерной манерой дыхания или за тем, кто быстро уставал от работы. Однако версия с «некрасивым лицом» выглядит правдоподобнее: она лучше согласуется с традицией охранительных имён, которая была широко распространена у восточных славян. Подобные обереги — Некрас, Нелюб, Дурак — давали детям, чтобы отвести от них беду, и Пыка в этом ряду смотрится вполне органично.

Встречаются и однокоренные фамилии — Пыкин, Пыков, Пычков. Они образованы от разных форм одного и того же прозвища: Пыка, Пык, Пычок. Такое варьирование типично для народной ономастики, где имя в каждом говоре обрастало уменьшительными или иными формами. Поэтому носители фамилии Пыкин — это, скорее всего, потомки человека, которого в своём селе знали под именем Пыка, и память об этом прозвище сохранилась в веках.