Фамилия Пыльников — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка было не обидным, а профессиональным. Первое, что приходит на ум — пыль, пыльный, грязнуля. Но в русских фамилиях на -ников корень редко указывает на бытовой недостаток. Чаще это указание на занятие. Пыльников — тот, кто имел дело с пылью, то есть мельник. На мельницах всегда стояла мучная пыль, и слово «пыльник» в говорах действительно фиксировалось как «мельник» или «работник на мельнице». Другие прозвища того же ряда — Мучников, Крупеников, Сеяльников.

Но есть и вторая, более прозаичная версия. Пыльником в некоторых областях называли передник или фартук — рабочую одежду, которая защищала от пыли. Мастер, носивший такой пыльник, или торговец, продававший их, мог получить прозвище Пыльник, а его потомки — фамилию Пыльниковы. В этом случае фамилия сродни таким как Шаповалов или Кафтанников.

Модель образования простая и прозрачная: основа Пыльник- плюс патронимический суффикс -ов. Это значит, что фамилия закрепилась в центральных и южнорусских регионах, где типичными были фамилии на -ов, а не на -ин. В северных говорах от того же корня могла бы появиться фамилия Пыльниковых (с суффиксом -их), но она встречается гораздо реже.

Примечательно, что в фамилии нет дворянского оттенка. Суффикс -ников почти всегда указывает на крестьянское или посадское происхождение. Пыльниковы — это, скорее всего, потомки вольных хлебопашцев или ремесленников, а не помещиков. Встречается фамилия в основном в Поволжье и на юге России, что косвенно подтверждает мельничную версию: именно там было много водяных мельниц.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Пыльников не выделяется особым комментарием, но сам принцип образования «ремесло + -ников» описан подробно. Это рядовая, но не банальная фамилия: она не про грязь, а про тяжёлый хлебный труд.