Фамилия Пырко — характерный пример восточнославянской модели, где прозвище превратилось в фамилию с помощью уменьшительного суффикса -к- и окончания -о. Такая форма типична для украинской, реже белорусской ономастики: Пырко, Грицько, Семенко. В русских фамилиях этот суффикс чаще даёт вариант Пырков.

Основа — пыр- — отсылает к глаголу «пырнуть» (ткнуть, ударить чем-то острым) или существительному «пырка», которое в юго-западных говорах означало занозу, колючку. Прозвище Пырко могли дать человеку колкому на язык, задиристому, либо тому, кто работал с колющими инструментами — бондарю, плотнику, сапожнику. Вторая версия, менее распространённая, связывает фамилию с диалектным «пыр» — пыль, мелкая пыльца (отсюда «пырхать»). Тогда Пырко — прозвище суетливого, неспокойного человека.

Географически фамилия Пырко чаще всего встречается в западных областях Украины — Волынь, Ровенщина, Львовщина — и в прилегающих районах Беларуси. В российских переписях XIX века она почти не фиксируется, что подтверждает её украинское происхождение. В казачьих реестрах Запорожской Сечи или списках Черниговского полка Пырко могло писаться как Пырко, Пирко или Перико — из-за живого произношения «и» вместо «ы» в части говоров.

Интересная деталь: в отличие от фамилий на -енко или -ук, которые указывают на сына или потомка, модель на -ко в украинской традиции могла быть и прозвищной, и патронимической. То есть Пырко — это не обязательно «сын Пыра», а скорее «тот, кого прозвали Пырко». Сословной окраски фамилия не имеет: её носили и крестьяне, и казаки, и мещане.