Фамилия Пышкунова — женская форма мужской фамилии Пышкунов. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Пышкун. Разберём, что могло значить это слово в русских говорах.

Самый прямой путь — глагол «пышкать» (или «пышать»), то есть дышать тяжело, пыхтеть, издавать сиплые звуки. Пышкуном могли назвать человека с одышкой, тучного или просто того, кто громко и часто пыхтит при работе. В северных и сибирских говорах «пышкать» означало также «дуть, раздувать» — например, меха в кузнице. Отсюда версия, что Пышкун — прозвище кузнеца или подмастерья, работающего с мехами.

Есть и вторая линия: диалектное слово «пышка» — пышка, оладья, булка. Пышкуном в некоторых областях называли любителя выпечки, сладкоежку, а иногда и самого пекаря или торговца сдобой. Это менее вероятно, но не исключено: прозвища по еде в русской традиции встречаются часто (Блин, Калач, Сахар).

Фамилия образована по продуктивной модели: основа Пышкун + патронимический суффикс -ов. Суффикс указывает на принадлежность: Пышкунов — сын Пышкуна. В документах XVI–XVII веков подобные фамилии на -ов встречаются повсеместно, но конкретных ранних упоминаний Пышкуновых в открытых источниках нет. Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных и северных областях России, а также в Забайкалье, куда могли переселиться носители в ходе освоения Сибири.

Похожие по корню фамилии — Пыхтин, Пышков, Пышкин. Они все восходят к тем же звукоподражательным основам, но Пышкунов выделяется суффиксом -ун, который в древнерусском языке часто образовывал прозвища по действию или характерному признаку (болтун, хвастун, крикун). Пышкун — тот, кто пышкает, то есть издаёт характерный звук или выполняет действие с пыхтением. Это делает фамилию более «профессиональной» по звучанию, чем, скажем, Пышкин (от «пышка»).

Социальный статус первых носителей, скорее всего, был крестьянским или посадским — такие прозвища давали в среде ремесленников и земледельцев. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано.