Фамилия Рахнаев образована от имени или прозвища Рахнай, а тот корень, скорее всего, восходит к тюркскому «рахна» — «рана, повреждение, трещина, изъян». В переносном смысле так могли назвать человека с физическим недостатком (например, шрамом на лице) или с тяжелым, «надломленным» характером. Встречается и другая версия: от арабского «рахман» («милостивый», один из эпитетов Аллаха), но в таком случае фамилия скорее звучала бы как Рахманов. Форма Рахнаев указывает на более конкретное, бытовое прозвище, а не на религиозное имя.

Суффикс -ев типичен для русских фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или -й. Модель простая: прозвище Рахнай (с ударением, вероятно, на последний слог) плюс притяжательный суффикс — буквально «сын Рахная». Такие фамилии массово закрепились за крестьянами и служилыми людьми в XVI–XVII веках, когда тюркские прозвища были распространены в среде рязанских, касимовских, темниковских и казанских татар, а затем перешли и к русским соседям.

Географически фамилия редкая, но встречается в Поволжье и на Урале — в зоне активных контактов русского и тюркского населения. В дореволюционных переписях Рахнаевы могли записываться как в крестьянских общинах, так и среди татар-мишарей. Сегодня носители фамилии живут в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях, а также в Москве и Санкт-Петербурге — результат миграций XX века.

Однокоренных фамилий немного: Рахмаев, Рахматов, Рахматуллин — все они восходят к арабскому корню «р-х-м» (милость, сострадание). Рахнаев стоит в стороне: его основа звучит грубее, прозаичнее. Если у Рахмаевых и Рахматуллиных за именем стоит религиозный смысл, то Рахнаев — это прозвище по внешнему признаку или качеству, что типично для низовых, неэлитных слоев населения.

Написание фамилии устойчивое, без вариантов: Рахнаев, а не Рахнаёв или Рахнайев. Ударение, по данным современных говоров, чаще падает на второй слог — Рахнáев, хотя в тюркском оригинале ударным был последний слог.