Фамилия Рудаенко — яркий пример украинской модели фамилии на -енко, которая в XVII-XVIII веках была распространена в Поднепровье и Слобожанщине. Суффикс -енко изначально означал «маленький» или «сын», то есть Рудаенко — это буквально «сын Рудая» или «маленький Рудай». Основа фамилии — прозвище Рудай, которое, в свою очередь, восходит к прилагательному «рудый» — рыжий, красноватый, цвета ржавчины. В украинских говорах «рудий» — это не просто рыжий волос, а цвет, близкий к красному, огненному, что могло указывать на внешность предка (рыжие волосы, веснушки) или на его характер — вспыльчивый, «горячий».

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с диалектным словом «руда» — кровь или руда (в значении «грязь», «ржавчина»). В таком случае прозвище Рудай могли дать человеку с нечистой кожей, работавшему с болотной или ржавой водой, или же тому, кто занимался добычей железной руды. Однако для фамилии Рудаенко эта версия слабее: прозвища от цвета волос встречаются в разы чаще, чем от ремесла, особенно в форме с суффиксом -ай.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает разницу в географии и социальном слое. Фамилия Руденко (та же основа, но с другим суффиксом) — одна из самых частых в Украине, особенно на Полтавщине и Черкасщине. Рудаенко же — более редкий вариант, с прозвищной основой на -ай, что характерно для южных и восточных регионов Украины, где такие прозвища (Тягай, Деркай, Шугай) давали активным или заметным людям. Если Руденко могло быть фамилией казака или крестьянина, то Рудаенко — скорее фамилия человека, получившего прозвище за яркую внешность, и закрепившегося в одном селе или хуторе.

По сословной принадлежности носители фамилии Рудаенко в XIX веке, судя по архивным записям, были преимущественно государственными крестьянами и казаками в Харьковской и Полтавской губерниях. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это чисто народная, крестьянско-казацкая фамилия, что подтверждает её прозвищное происхождение без книжных или церковных корней.