Фамилия Рудкин — наглядный пример того, как в русской ономастике суффикс может переопределить значение основы. Если бы фамилия звучала как Рудов или Рудин, её происхождение было бы очевидным: от имени Рудя (уменьшительное от Родион) или от прозвища Рудый («рыжий», «красный»). Но суффикс -к- вносит поправку: Рудкин — это не «чей-то сын», а «чей-то человек», «тот, кто относится к Рудке».

Самая вероятная версия: основа Рудка — это краткая форма имени Рудольф, которая встречалась в дворянской и купеческой среде XIX века, или же самостоятельное прозвище Рудка от слова «руда» (кровь, грязь, болотная железная руда). Второй вариант даёт прозвище человеку с красноватым лицом или, что менее вероятно, рудокопу. Однако в крестьянской среде фамилия чаще возникала от имени: Рудка — это Родион или Рудольф в бытовом произношении, а Рудкин — его сын или работник.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным губерниям России, где было распространено имя Родион в форме Рудя. Встречается она и у старообрядцев — у них имя Рудольф не прижилось, зато Рудя (от Родиона) было обычным. Словарь Б. Унбегауна относит модель с суффиксом -кин к типично русским, но с оговоркой: такие фамилии часто указывали на неполноту родства — например, на внебрачного сына («Рудкин» мог означать «подкидыш Рудьки»).

В советское время фамилия могла переосмысляться через слово «рудник» — шахтёр или горняк, но это вторичная народная этимология. Исторически Рудкины — это не горняки, а потомки человека по имени или прозвищу Рудка. Среди носителей фамилии нет громких исторических фигур, известных широкой публике, что типично для фамилий, образованных от неканонических имён: они редко попадали в родословные книги дворянства.