Фамилия Рунтов происходит от прозвища или нецерковного имени Рунт, а её основа, скорее всего, связана со старым русским словом «рунт», которое означало «грунт, земля, почва». В диалектах это слово приобретало и более узкие значения: так могли называть песчаную, рассыпчатую землю или, наоборот, твёрдый, слежавшийся слой. Человек, получивший прозвище Рунт, мог быть земледельцем, работающим на тяжёлой почве, либо иметь какое-то отношение к земляным работам — например, быть копателем колодцев или строителем, который разбирался в свойствах грунта.

Суффикс -ов указывает на типичную для русских фамилий модель принадлежности, то есть «Рунтов» буквально означает «сын Рунта». Это одна из самых распространённых моделей, по которой в XIV–XVII веках оформлялись фамилии крестьян и посадских людей. Примечательно, что слово «рунт» — это искажённое заимствование из немецкого Grund через польское grunt, что лишний раз подчёркивает, как в диалектной речи переосмысливались чужие корни.

Есть и менее очевидная версия: в некоторых говорах «рунт» означало «руно, шерсть» или «лохмотья». В этом случае прозвище могло относиться к внешнему виду — к человеку неопрятному или, напротив, носившему грубую одежду из овчины. Однако связь с грунтом выглядит убедительнее, так как слово в этом значении шире распространено в исторических документах.

Географически фамилия тяготеет к северо-западным и центральным областям России, особенно к бывшим новгородским и псковским землям, где диалектное «рунт» встречается чаще. Встречаются также однокоренные фамилии Рунтовский, Рунт, Рунцев — они образованы от той же основы, но с другими суффиксами, что указывает на разные региональные традиции именования. Сословно Рунтовы в большинстве своём были крестьянами или мещанами, дворянских родов с такой фамилией в исторических источниках не зафиксировано.