Фамилия Рутенко ведет свое начало от прозвища Рута, которое образовано от аналогичного нарицательного. Рутой называют многолетнюю душистую траву, полукустарник, кустарник семейства Рутовые. Молодые листья этого растения используются в качестве приправы, а также в лекарственных целях. Таким образом, вполне вероятно, что прозвище Рута относится к так называемым «профессиональным» именованиям, содержащим указание на род деятельности человека: возможно, предок современного носителя фамилии был поваром или собирателем трав, знахарем. Не исключено также, что фамилия Рутенко восходит к мирскому имени Рута. Давая младенцу такое имя, как Рута, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделён избранный представитель растительного мира. Суффикс -енко указывает на белорусское или украинское происхождение фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Рута, со временем получил фамилию Рутенко. Среди наиболее известных однофамильцев - Сергей Рутенко, испанский гандболист белорусского происхождения.