Фамилия Рутовский — прозрачный пример фамилии на -ский, самой распространенной модели в польской шляхте, а затем и в среде русских дворян и духовенства. Вопреки ожиданиям, корень здесь не обязательно связан с цветом (рута — растение) или с русским словом «руть» (сор, мусор). Чаще всего Рутовский — это топонимическая фамилия, то есть указывающая на выходца из конкретного места.

Вероятнее всего, основа — название населенного пункта вроде Рутово, Рутов, Рутовка. Такие села и хутора встречались на территории современных Польши, Беларуси и Украины. Человек, владевший землей в Рутово или живший там, получал прозвание «Рутовский» — по образцу «князь Курбский» из Курбы или «дворянин Заболоцкий» из Заболотья. В польской традиции такие фамилии часто закреплялись за шляхтой, но в XVIII–XIX веках их могли брать и крестьяне при переписях, если их деревня называлась Рутово.

Менее распространенная, но возможная версия — происхождение от личного имени Рут (краткая форма от Рутимир или, реже, от библейской Руфи). В этом случае суффикс -овский выполнял бы роль притяжательного: «сын Рута». Однако в славянской ономастике имя Рут встречается крайне редко, так что топонимическая гипотеза убедительнее.

Интересная деталь: в русских губернских списках XIX века фамилия Рутовский встречается не только среди дворян, но и среди мещан и однодворцев. Это говорит о том, что носители фамилии не обязательно принадлежали к высшему сословию — фамилия могла «демократизироваться» при переходе из польской в русскую среду. В некоторых случаях ее писали через «о» — Рутовской, что характерно для южнорусских говоров, где окончание -ой в фамилиях было нормой.