Фамилия Рутова — женская форма, а её мужской вариант Рутов образован по самой распространённой русской модели: от основы на твёрдый согласный плюс суффикс -ов. Это означает, что в основе лежит прозвище или нецерковное имя Рут, а фамилия буквально отвечает на вопрос «чей?» — сын Рута.

Ключевой вопрос — что такое Рут. Здесь возможны две версии, и обе имеют право на существование, хотя одна убедительнее. Первая и самая прямая: Рут — это краткая форма крестильного имени Рут (Руфь). В святцах есть библейская Руфь, имя древнееврейского происхождения, которое в русском просторечии могло звучать как Рут. В таком случае фамилия Рутов — из числа «полуотчеств», образованных от усечённой формы канонического имени, как Петров от Петра или Иванов от Ивана.

Вторая версия — прозвищная. В русских говорах слово «рут» или «рута» могло означать растение (рута душистая), а также, по данным диалектных словарей, нечто рыхлое, осыпающееся (например, «руткий» — хрупкий, ломкий). Прозвище Рут могли дать человеку за внешность или характер: хрупкому, ломкому, либо, наоборот, за пристрастие к горькой настойке из руты. Однако связь с именем Руфь встречается в ономастике чаще и надёжнее, поскольку для прозвища от названия растения модель «Рутов» менее типична — обычно такие фамилии образуются через суффикс -ин (Рутин).

Фамилия не принадлежит к числу дворянских или широко известных. Судя по географии, Рутовы встречаются в центральных областях России и в Поволжье, а также у русских старообрядцев, где библейские имена сохранялись в быту дольше. Это фамилия крестьянского или мещанского происхождения, без громкой истории, но с чёткой и понятной этимологией: предок носителя фамилии, скорее всего, звался Рутом, то есть Руфью.