Фамилия Ружинина — это женская форма, а её мужской вариант — Ружинин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Ружина. Слово «ружина» в русских говорах имело несколько значений, и чтобы понять, какое из них легло в основу фамилии, стоит присмотреться к географии и словообразованию.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ружинин — «сын Ружины» или «человек из дома Ружины». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Само слово «ружина» — вероятно, производное от «ружьё» или «оружие». В старину «ружиной» могли называть вооружённого человека, дружинника, либо того, кто носил с собой оружие. Но есть и другая версия: в некоторых диалектах «ружить» означало «красить» или «румянить», так что Ружиной могли прозвать человека с румяным лицом или, например, красильщика тканей.

Третий, менее очевидный вариант — связь с топонимом. В Польше, Беларуси и на западе России есть несколько населённых пунктов с корнем «Руж-» (например, Ружаны в Брестской области). Фамилия Ружинин могла возникнуть у выходца из такого места, особенно если учесть, что фамилии на -ин нередко образовывались от названий деревень. Однако в этом случае ожидалось бы ударение на первый слог (Ру́жинин), а в бытующем варианте ударение чаще падает на второй — Ружи́нин, что ближе к прозвищной основе.

Таким образом, наиболее правдоподобно, что предок носителя фамилии получил прозвище Ружина за связь с оружием или за внешность. Фамилия редкая, не входит в сотни самых распространённых, и её носители в основном встречаются в центральных и южных регионах России, а также в Поволжье. В дореволюционных источниках Ружинины фиксируются среди крестьян и мещан — сословная принадлежность типична для фамилий этой модели.