Основой фамилии Сафончев послужило церковное имя Софония. Фамилия Сафончев представляет собой вариант фамилии Сафонычев, которая ведёт начало орт именования Сафоныч. Фактически Сафоныч — это отчество от имени Софонтий или Софония (в просторечии Сафон). Само же имя Софонтий в переводе с древнееврейского означает «Бог скрыл (защитил)».