Фамилию Саитханова стоит разбирать, отталкиваясь от её основы — личного имени Саитхан. Это составное имя, типичное для тюрко-мусульманской традиции, где первая часть «Саит» (араб. سعيد, Саид) означает «счастливый», «благополучный», а вторая — «хан» (тюрк. титул правителя, князя). В итоге имя Саитхан можно перевести как «счастливый правитель» или «благополучный хан». Такие двусоставные имена с компонентом «хан» (Алихан, Муратхан, Гайнутхан) были распространены у татар, башкир, народов Кавказа и Средней Азии, подчеркивая знатность или пожелание высокого статуса.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, адаптированным в женском роде как -ова. Это указывает на то, что предок носителя фамилии (скорее всего, мужчина) носил имя Саитхан, а его потомки получили фамилию по отцу: «чей?» — Саитханов. Фамилия фиксируется преимущественно в регионах с татарским и башкирским населением (Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область), а также среди кавказских народов, например, чеченцев и ингушей, где имя Саит также встречается.

Версия о происхождении от прозвища маловероятна: имя Саитхан — каноническое мусульманское, а не бытовое. Также не стоит путать её с фамилией Саитов (от имени Саит без «хана») — компонент «хан» указывает на более конкретную и, вероятно, более статусную именную форму. В ономастике такие фамилии относят к группе «патронимических» (по отцу), но с явным восточным колоритом. Социальный контекст предков мог быть разным: от потомков сельских мулл до зажиточных крестьян или торговцев, но точных данных об исключительном дворянском происхождении нет — имя Саитхан не было исключительно аристократическим, его давали и простым людям как благопожелание.