Фамилия Салмыгин — одна из тех, что ставит исследователя перед выбором между несколькими версиями, ни одна из которых не выглядит надуманной. В ней сразу бросается в глаза суффикс -ин, типичный для русских фамилий, образованных от основ на -а, -я. Это значит, что в основе лежит прозвище или имя Салмыга.

Самая прямая версия ведёт к диалектному слову «салмыга». В говорах Русского Севера, особенно в архангельских и вологодских, так называли нерасторопного, медлительного человека, разиню. Прозвище было незлым, скорее бытовым, — им могли окрестить ребёнка или взрослого за спокойный нрав. Фамилия, таким образом, образована по той же модели, что и Торопыгин (от торопыга) или Зевакин (от зевака). География фамилии это подтверждает: Салмыгины встречаются в Вологодской, Кировской областях, в Пермском крае — то есть в зоне распространения северных и северо-восточных говоров.

Есть и другая, более редкая возможность. В некоторых тюркских языках, например в татарском, «салма» означает «похлёбка», «лапша». Прозвище Салмыга могли дать любителю жидкой пищи или, в переносном смысле, человеку «вязкому», неторопливому. Смешение тюркских и русских корней в фамилиях Поволжья и Приуралья — обычное дело. Однако в пользу первой версии говорит то, что фамилия не имеет характерных тюркских суффиксов (-ов, -ев там было бы больше), а -ин указывает на славянскую адаптацию.

Словообразовательная модель проста: прозвище Салмыга (основа) + суффикс -ин (притяжательное значение, буквально «чей?» — сын Салмыги). В документах XVII-XVIII веков такое прозвище могли дать крестьянину или посадскому человеку. Дворянских родов с этой фамилией в исторических справочниках не зафиксировано, что указывает на её крестьянское или мещанское происхождение. Фамилия нечастая, но не исчезнувшая — её носители живут в основном на севере европейской части России и в Зауралье.