Фамилия Самарскова — женская форма фамилии Самарсков, и её разбор стоит начать с необычного суффикса. Модель на -ск(ов) встречается реже, чем привычные -ов или -ин. В русской ономастике суффикс -ск- обычно указывает на происхождение от географического названия (например, Тверской — из Твери). Но здесь к основе «Самар» добавили сразу два суффикса: сначала -ск-, а затем -ов. Такая конструкция могла возникнуть, если фамилию образовали от прозвища или имени, которое само по себе уже было прилагательным на -ский. Проще говоря: предка могли звать Самарский (по местности или по прозвищу), а потом, при оформлении фамилии по стандартной модели «чей?», добавили -ов — получился Самарсков.

Основа «Самар» почти наверняка связана с рекой Самарой или городом Самара. Однако фамилия Самарсков (и Самарскова) не обязательно указывает на выходца из самого города. В Поволжье и Приуралье было много селений с корнем «Самар»: например, Самарово в бывшей Тобольской губернии (ныне Ханты-Мансийск) или деревни Самарка в разных областях. Человек, получивший прозвище Самарский, мог жить на реке Самаре, приехать из села Самарского или просто владеть землёй в тех краях.

Есть и более редкая версия: связь с тюркским словом «самар» — мешок, вьючная сумка. В диалектах русского языка «самара» иногда означала длинную одежду или мешковатый балахон. Если предок носил такую одежду или торговал мешками, его могли прозвать Самарой, а потом — Самарским. Но эта гипотеза уступает географической: слишком много топонимов с корнем «Самар», чтобы пренебречь ими.

В документах фамилия встречается с XVII века в разных вариантах: Самарский, Самарсков, Самарской. Форма на -скова (Самарскова) закрепилась как женская в XIX веке, когда фамилии стали передаваться по мужской линии с неизменным окончанием для женщин. Носительницы этой фамилии чаще всего встречаются в Самарской, Оренбургской и Челябинской областях — то есть в регионах, где исторически селились выходцы с Волги и Урала.

Таким образом, Самарскова — фамилия с прозрачной географической основой, но с нестандартной моделью словообразования. Она указывает на предка, которого связывали с местом, названным от реки Самары, а сам суффикс -сков выдаёт более позднее оформление фамилии по «московскому» образцу, когда к основе на -ский добавили родовой суффикс -ов.