Фамилия Самоденко принадлежит к распространённой в восточной и центральной Украине модели с суффиксом -енко. Этот суффикс (в безударной позиции часто переходящий в -енко) исторически означал «сын», «потомок» или «ученик». То есть Самоденко — буквально «сын (или потомок) Самода». В основе фамилии лежит некалендарное (мирское) имя или прозвище Самод.

Самод — очень редкое и архаичное имя. Его значение неочевидно, и здесь возможны две версии, причём одна существенно правдоподобнее другой.

Первая, наиболее вероятная: Самод — это усечённая или народная форма от крестильного имени Самойло (библейского Самуила). В украинской среде имя Самойло часто сокращали до Самой, Самко, а в некоторых говорах — до Самод. Сравните: Иван → Иванко → Васько, а Самойло → Самко → Самод. Если так, то фамилия Самоденко — ровесница таких массовых фамилий, как Иваненко, Семененко, Павленко. Она указывает на то, что предок носителя звался Самойлом, а в быту — Самодом.

Вторая версия, более экзотическая и менее убедительная: Самод могло быть прозвищем от глагола «самодити» (в диалектах — своевольничать, делать по-своему) или от слова «самода» (самодельный, доморощенный). Но для прозвища это слишком редкий корень, и никаких устойчивых прозвищных гнёзд с таким значением в украинской ономастике не зафиксировано. Поэтому версия с производным от Самойла (Самуила) предпочтительнее.

Географически фамилия Самоденко тяготеет к центральным и северным областям Украины (Черкасская, Киевская, Полтавская, Черниговская), где суффикс -енко исторически господствовал. В России она встречается редко, в основном как результат миграции с Украины в XIX–XX веках.

По социальному статусу носители фамилии Самоденко, скорее всего, были казаками или крестьянами. Фамилии на -енко в XVI–XVII веках активно формировались именно в казацкой среде, а затем распространились на всё украинское крестьянство. Дворянских родов с такой фамилией не известно — это «народная» фамилия, без приставки и без герба.

Таким образом, Самоденко — это типичная украинская фамилия-патроним, образованная от сокращённой формы имени Самойло (Самуил). Ваш предок, вероятно, был простым человеком, которого в селе знали как Самода, а его детей — как Самоденко, то есть «Самодовы дети».