Фамилия Самоилэ — один из тех случаев, когда написание сразу выдаёт нерусское происхождение. Окончание -э нехарактерно для восточнославянских фамилий, где преобладают -ов, -ин, -ский. Здесь мы имеем дело с румынской или молдавской моделью: фамилия образована от имени Самоил — румынской формы библейского имени Самуил (евр. «услышанный Богом»). В румынском языке фамилии часто передаются без дополнительных суффиксов, просто фиксируя имя предка в качестве родового прозвища.

Основа та же, что и в русских фамилиях Самоилов, Самуилов, но оформление другое. Если в России крестьянина могли записать как «Самоилов сын», то в Молдавии и Румынии — просто Самоилэ, где конечное -э — это артикль или показатель мужского рода в именительном падеже. Фактически, носитель фамилии Самоилэ — это потомок человека по имени Самоил.

Географически фамилия почти наверняка привязана к территории современной Молдовы или румынской Молдовы (регион на востоке Румынии). Встречается она и у украинцев, живших в Бессарабии, но исходная модель именно румынская. Сословно носители могли быть кем угодно: от крестьян до священников, так как имя Самуил было популярно в православной среде, а в Молдавском княжестве фамилии на -э носили и бояре, и простолюдины.

Если смотреть на словообразовательную модель, то Самоилэ — это «чистая» фамилия без суффикса, что для румынской ономастики норма. Аналогов много: Иоаннэ, Георгэ, Василэ. В русских документах такую фамилию могли искажать: писать Самоила, Самоилло, путая с украинскими формами. Поэтому современное написание с конечным -э — верный маркер румынского корня.