Фамилия Самоил — редкий случай, когда фамилия сохранила не церковную, а народную форму крестильного имени. В основе лежит каноническое имя Самуил (др.-евр. «Шемуэль» — «услышанный Богом»). В русской бытовой традиции имя нередко упрощали: Самуил превращалось в Самоила, а затем и в Самойла. Фамилия Самоил — это, по сути, застывшая форма этого имени без какого-либо суффикса, что для русских фамилий нетипично.

Обычно русские фамилии образуются с помощью суффиксов принадлежности (-ов, -ев, -ин): от Самойла получается Самойлов, от Самуила — Самуилов. Фамилия же Самоил указывает на иной путь. Скорее всего, она возникла не в центральной России, а на западе или юге — в украинских, белорусских или польских землях, где была распространена модель фамилий, совпадающих с именем (как, например, украинские фамилии Гнат, Павло, Степан). Носитель фамилии Самоил — потомок человека, которого в документах записали просто по имени, без отчества и прозвища, и это имя закрепилось за родом.

Вторая, менее вероятная версия — что фамилия произошла от прозвища Самоил, данного человеку с характером или внешностью, напоминавшими библейского Самуила (строгий судья, пророк). Но в таком случае мы бы скорее ожидали форму с суффиксом, например Самоилов или Самоильев. Поэтому версия с прямым именованием выглядит убедительнее.

Встречается фамилия крайне редко. В России её можно найти в южных областях и на Кубани, куда переселялись малороссы. В Беларуси и на Украине — чаще, особенно в Волынской и Житомирской областях. За пределами бывшего СССР — среди потомков эмигрантов первой волны.

С точки зрения словообразования фамилия уникальна тем, что не обросла типичными русскими суффиксами. Это делает её своеобразным маркером: если вы носите фамилию Самоил, ваши предки, скорее всего, жили на территории, где польская или украинская ономастическая традиция была сильнее московской, и имя не стали «русифицировать» добавлением -ов.