Фамилия Самойлин восходит к имени Самойло. Вплоть до конца XIX века мужское имя Самойло было весьма популярно в России и на Украине. Однако, Самойло – это неофициальный вариант древнееврейского имени Самуил, которое в переводе на русский означает «услышанный богом». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Самойло, со временем получил фамилию Самойлин.