Фамилия Самокаев относится к семейству, так называемых, «самостоятельных» фамилий, начинающихся на «само-», среди которых: Самоходов, Самолупов, Самобранцев, Самодомов, Самокладов, Самомолов, Самописцев и ряд других. В основу этой фамилии легло прозвище Самокай. Так на Руси в старину называли человека, который сам признавал свои ошибки, испытывал чувство вины, каялся в чем-либо. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Самокай, со временем получил фамилию Самокаев.