Фамилия Самокишин происходит от личного именования Самокиша, которое, по самой вероятной версии, связано с диалектным украинским словом «самокиш» — так называли кислое молоко или простоквашу. Исходное прозвище могли дать человеку, который производил или продавал кисломолочные продукты, но это лишь одна из возможных линий. В старину именования от названий еды не были редкостью: они могли выполнять обрядовую роль, оберегая ребёнка от нужды и голода, поэтому Самокиша вполне могло быть мирским именем, а не указанием на ремесло.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность, то есть Самокишин буквально означает «сын или потомок Самокиши». Такая модель типична для восточнославянских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а. Если основа действительно связана с простоквашей, то фамилия стоит в одном ряду с такими «продуктовыми» прозвищами, которые закреплялись за человеком как наиболее употребительное именование и лишь потом превращались в фамилию.

В документах начала XX века встречается Самокишин Григорий Степанович, родившийся в 1889 году в селе Западно-Сибирского края, что подтверждает бытование фамилии далеко за пределами украинских земель, где, вероятно, возникла её основа. Впрочем, не стоит исключать и другую трактовку: в некоторых говорах «самокиш» могло звучать иначе или иметь переносный смысл, но именно связь с кислым молоком остаётся наиболее убедительной и подкреплённой диалектными данными. Альтернативные версии, например возведение к личному имени или иной лексике, выглядят слабее, поскольку не находят прямых параллелей в источниках.

Таким образом, фамилия Самокишин — это типичный пример того, как бытовое прозвище, родившееся в народной среде, со временем закрепилось за родом и донесло до нас отголосок старого слова, сегодня почти забытого в литературном языке, но понятного по духу: в нём слышится и простота деревенского быта, и характерная для прошлого привычка называть человека по тому, что его окружало.