Фамилия Самонина образована от имени Самоня — народной, разговорной формы редкого крестильного имени Самон. Само имя имеет древнееврейские корни и переводится как «крепкий». Получается, что в основе фамилии лежит не прозвище и не род занятий, а личное имя предка, которое в повседневной речи звучало как Самоня.

Модель образования здесь классическая для русских фамилий: к основе Самоня добавили притяжательный суффикс -ин, который указывал на принадлежность. Первоначально форма Самонин означала «сын Самони», то есть потомок человека по имени Самоня. Со временем это указание на родство закрепилось как наследственная фамилия. Женский вариант Самонина — это та же фамилия, но в форме, отвечающей на вопрос «чья?», которая традиционно использовалась для женщин.

Имя Самон в святцах встречается нечасто, поэтому и фамилия, от него образованная, не относится к числу широко распространённых. Редкость исходного имени делает фамилию Самонина довольно узнаваемой: её носители, скорее всего, происходят из семей, где имя предка передавалось по церковной традиции, но в быту использовался его уменьшительный вариант.

Интересно, что при разборе фамилии часто возникает соблазн связать её со словом «сам» или с глаголом «самониться» в каком-либо диалектном значении. Однако церковное происхождение имени Самон подтверждает версию о крестильном имени как основе. Альтернативные объяснения выглядят натянутыми и не подкреплены ономастическими источниками, поэтому версия с именем Самоня остаётся основной и наиболее правдоподобной.