Фамилия Самойский — одна из тех, что при ближайшем рассмотрении оказывается связана с личным именем, но с необычным суффиксальным оформлением. В основе лежит каноническое имя Самуил (древнееврейское «услышанный Богом»), которое в русской народной среде дало множество производных форм: Самойло, Самойла, Самой. От них образованы фамилии Самойлов, Самойленко, Самойлюк. А вот Самойский стоит особняком.

Ключевая особенность — суффикс -ский. В русской ономастике этот суффикс чаще всего указывает на географическое происхождение (по названию местности) или на принадлежность к дворянскому роду, оформленному по польско-литовскому образцу. Однако в случае с Самойским географическая привязка вторична. Скорее всего, фамилия образована от прозвища или имени предка по модели «чей?» — «Самойский» означало «сын (или потомок) Самойлы». Такой способ был распространён среди духовенства: семинаристам нередко давали фамилии на -ский, переделывая мирские имена отцов. Например, сын священника по имени Самойла мог получить фамилию Самойский при поступлении в училище.

Вторая, менее вероятная, но допустимая версия — топонимическая. Если существовало селение с корнем Самой- (например, Самойлово, Самойловка), то выходец оттуда мог стать Самойским. Однако в исторических документах такая фамилия встречается редко и не привязана к конкретному крупному региону, что склоняет чашу весов в пользу «семинарской» гипотезы. В любом случае, носитель фамилии Самойский может быть уверен: его предок носил имя, восходящее к библейскому Самуилу, а сама фамилия — результат либо книжного, либо административного переосмысления этого имени в XVIII–XIX веках.