Фамилия Самулеенков — редкий случай, когда суффикс выдаёт не только способ образования, но и географию. В ней три слоя: основа, суффикс принадлежности и ещё один суффикс, который редко встречается за пределами западных областей России.

В основе лежит имя Самуил (древнееврейское «испрошенный у Бога»). В народной речи оно дало множество уменьшительных форм: Самуля, Самуня, Самуха. От одной из них — Самулей — и пошла фамилия. Суффикс -енк- указывает на «малого» или «сына»: Самулеенок — сын Самулея. Такая модель типична для украинской и белорусской ономастики, где -енко было патронимическим суффиксом.

Но финальный -ов превращает фамилию в русскую по форме. Это характерно для фамилий, которые возникли на стыке культур: например, в Смоленской, Брянской или Курской губерниях, где украинское окончание -енко русифицировали при переписях, добавляя -ов. Таким образом, Самулеенков — это «сын Самулея», записанный по русскому образцу.

Версия, что основа происходит от литовского или латышского имени (в Прибалтике встречается форма Samulis), менее вероятна: фамилия не фиксируется в Прибалтике, а её ареал — юго-запад России и восток Украины. Связывать с еврейским вариантом Самуил тоже можно, но фамилия не характерна для еврейской традиции (там чаще встречаются Самуилов, Самуилевич).

Единственная особенность написания — двойное «е» в середине (Самулеенков, а не Самуленков). Это не ошибка, а следствие того, что суффикс -енк- присоединялся к основе, оканчивающейся на гласную: Самулей + енк + ов. Если бы основа была Самул, получилось бы Самуленков. Двойная гласная сохраняет прозрачную этимологию и отличает фамилию от похожих.

Носители фамилии встречаются в основном в Брянской, Смоленской и Калужской областях, а также в Могилёвской области Беларуси. Сословно это, скорее всего, крестьяне или однодворцы, которые при переписях конца XVIII — XIX века получили фамилию по имени отца.