Фамилия Самулеев — редкий случай, когда в основе, скорее всего, лежит не каноническое имя, а его народная, разговорная форма. Если смотреть на словообразовательную модель, то суффикс -еев указывает на происхождение от имени или прозвища, оканчивающегося на -ей: Самулей. В русской традиции так могли в быту называть человека с крестильным именем Самуил. Имя это древнееврейское, означает «услышанный Богом», но в народной среде его переделали на свой лад, отбросив конечное -ил и заменив его на более привычное русское окончание -ей. Получается, что Самулеев — буквально «сын Самулея», то есть потомок того, кого звали Самуилом, но по-простому, по-деревенски.

Интересно, что фамилия эта — не массовая, а довольно локальная. Встречается она преимущественно на территории бывшей Российской империи, в зонах, где было сильно влияние православия и где имя Самуил было в ходу среди крестьянства и духовенства. В отличие от фамилий на -ов/-ев, образованных от полных церковных форм (Самуилов), вариант Самулеев выдает простонародное, «уличное» происхождение прозвища. Это значит, что предок носителя фамилии не принадлежал к высшим сословиям — скорее всего, был крестьянином или мещанином, и его в документах записали не по святцам, а по тому, как его звали в своей среде.

В некоторых говорах могла быть и другая версия: прозвище Самулей давали человеку, который чем-то напоминал библейского Самуила — например, был судьей в спорах, обладал авторитетом или, наоборот, имел привычку пророчествовать. Но это уже домыслы. Надежнее всего принять, что перед нами просто фонетическая и морфологическая обработка имени Самуил, которая закрепилась в качестве фамилии. Сравните с однокоренными, но более редкими формами: Самулевич, Самуйлов — все они из одного гнезда, но Самулеев выделяется именно суффиксом, типичным для русских, а не украинских или польских фамилий.

Написание фамилии устойчивое, с двумя «е» в суффиксе. Вариант «Самулеев» с одной буквой «е» — ошибка, так как суффикс -еев образован от основы на -ей. В дореволюционных метрических книгах могли писать и через «ѣ» (Самулѣевъ), но это не меняет сути. В целом, фамилия Самулеев — живое свидетельство того, как церковное имя обрастало бытовыми формами и давало начало новым родам, причем довольно компактным по географии. Если вы носите эту фамилию, ваши предки, скорее всего, происходят из центральной России или Поволжья, где имя Самуил было распространено, но в деревенском обиходе его переиначили на свой лад.