Фамилия Санакулов — характерный пример фамилии, образованной от личного имени с помощью тюркского суффикса принадлежности. Её основа восходит к мужскому имени Санакул, которое состоит из двух частей: «сана» (в тюркских языках — «сознание», «ум», «мысль», «почтение», «счёт») и «кул» («раб», «слуга», чаще всего — «раб божий», «слуга Всевышнего»). Таким образом, Санакул можно перевести как «почтенный слуга (бога)» или «раб, обладающий сознанием (умом)». Это имя, как и многие другие с компонентом «кул», было популярно в среде тюрко-мусульманских народов, где таким образом выражали смирение перед Аллахом.

Модель образования фамилии — типично тюркская: к имени Санакул прибавили русский патронимический суффикс -ов, который в XIX–XX веках активно использовался для русификации фамилий нерусских народов Российской империи. Фамилия Санакулов в своей основе — отчество, то есть «сын Санакула». Географически она наиболее распространена среди народов Центральной Азии: узбеков, таджиков, отчасти казахов и киргизов. В России носители фамилии чаще всего встречаются в Оренбургской, Челябинской областях и в Татарстане — регионах с историческими миграционными потоками из Средней Азии.

В ономастических словарях и работах по тюркской антропонимии (например, у Гафурова или у Кононова) имя Санакул фиксируется как традиционное составное имя, где первая часть «сана» может также означать «счёт», «число» — в этом случае имя могло даваться ребёнку, родившемуся после долгого ожидания или как «учтённый», «долгожданный». Вторая версия, с «почтением», более вероятна для прозвищно-охранительных имён: ребёнка нарекали так, чтобы подчеркнуть его покорность и смиренность перед высшими силами.

В написании фамилии возможны варианты: Санакулов, Санакулов — ударение обычно падает на последний слог. Редкий случай — вариант Санакулов с удвоенной «л», встречающийся в южных диалектах. Сословно предки Санакуловых были, скорее всего, крестьянами или ремесленниками, поскольку фамилии на -ов из имён с «кул» редко встречались у знати — аристократия предпочитала более звучные титульные компоненты.