Фамилия Санченко образована по модели, которая сразу выдает её украинское или южнорусское происхождение: суффикс -енко указывает на «сына» или потомка, а в основе лежит просторечная форма имени Саня. За этим коротким и привычным на слух прозвищем стоит каноническое имя Александр, которое пришло из греческого языка и означает «мужественный» и «защитник людей». То есть Санченко — это буквально «сын Сани», потомок человека, которого в быту звали не полным именем, а его уменьшительной формой.

Мирское имя Саня в старину не было редкостью: на Руси и в Малороссии церковные имена часто сокращали до коротких обиходных вариантов, которые затем закреплялись в фамилиях. В отличие от фамилий на -ов или -ин, которые чаще встречаются в великорусских землях, суффикс -енко исторически господствовал на территории современной Украины, а также в южных областях России, куда переселялись казаки и крестьяне. Поэтому Санченко — фамилия, которая с высокой вероятностью сформировалась именно там, где был распространен этот словообразовательный тип, то есть в среде запорожского казачества или черниговских и полтавских мещан.

Интересно, что от той же основы Саня возникло множество родственных фамилий: Саньков, Санин, Санов, Санютин, а также украинские Санченков и Санчук. Но Санченко выделяется тем, что суффикс -енко не просто указывает на родство, а подчеркивает прямую линию наследования: сын Сани, внук Сани. В документах XVI–XVII веков такие именования встречаются как отчества, и лишь позднее, когда фамилии закрепились окончательно, форма Санченко стала передаваться из поколения в поколение без изменений.

Стоит упомянуть и редкую, но возможную версию: в некоторых говорах прозвище Саня могло относиться не только к Александру, но и к человеку с определенными чертами характера, например бойкому или задиристому. Однако эта гипотеза слабее, ведь имя Александр было настолько распространено, что именно его уменьшительная форма — самый естественный источник. Потомки Сани, носившие фамилию Санченко, могли быть кем угодно: казаками, ремесленниками, хлеборобами, — но их общий предок носил простое имя, которое в те времена звучало как ласкательное обращение к Александру.