Фамилия Станченко построена по той же продуктивной украинской модели, что и Шевченко, Коваленко или Бондаренко. Суффикс -енко в XVI–XVIII веках был главным маркером «малороссийской» фамилии и означал «маленький», «сын» или «ученик». То есть Станченко — буквально «сын Станка» или «маленький Станко».

Имя или прозвище Станко — вот ключ к происхождению. В украинской и белорусской традиции «станок» могло быть уменьшительной формой от канонического имени Станислав (славянское «стань славным»). Но не менее вероятно, что прозвище образовалось от слова «стан»: в одном значении — стан человека (осанка, фигура), в другом — ремесленный станок (ткацкий, токарный). Человек с крепкой фигурой или ткач, работавший на стане, вполне мог получить прозвище Станко, которое затем закрепилось за его детьми.

С географической точки зрения фамилия тяготеет к центральным и восточным областям Украины — Полтавщине, Черкащине, Харьковщине. В Россию Станченко попали вместе с переселенцами из Малороссии в XVIII–XIX веках, но в целом фамилия остаётся более характерной для украинской антропонимии, чем для великорусской.

В русском языке фамилию могли записывать с окончанием -ов (Станченков), но форма Станченко сохранила исходный украинский суффикс, который не склоняется. Встречается также вариант Станченко с ударением на первый слог, что иногда путает при произношении. Споров о корне почти нет: все версии сходятся к имени или прозвищу Станко, а разница лишь в том, было ли оно крестильным (от Станислава) или бытовым (от внешности или ремесла). Второй вариант для крестьянской среды выглядит убедительнее.