Фамилия Сандуковский — один из тех случаев, когда географическое имя легло в основу фамилии почти без изменений, сохранив свою узнаваемость. Она принадлежит к распространённому типу польских и западнорусских фамилий на -ский, которые в XV–XVII веках были маркером шляхетского или дворянского происхождения, но со временем распространились и среди других сословий, особенно на землях бывшей Речи Посполитой.

Основа фамилии — топоним Сандуки или Сандуково. Такие названия встречаются в Польше и на западе современной Украины (например, село Сандуки в Хмельницкой области). Суффикс -ов- в основе указывает на принадлежность: Сандуковский — это «тот, кто из Сандукова» или «владелец Сандукова». Первично это было прозвище-указание на место жительства или происхождения, которое затем закрепилось как фамилия.

Сам топоним Сандуки, скорее всего, восходит к личному имени Сандук. Это уменьшительная форма от Александр (через польское Sandek, Szandor) или от греческого имени Сандал (встречается в православных святцах). Менее вероятна, но не исключена связь с румынским словом «sânduc» (вид ящерицы) — в молдавских говорах такое прозвище могло закрепиться за человеком с быстрыми, увёртливыми движениями. Однако географическая привязка к конкретным сёлам делает первую версию основной.

В Российской империи фамилия Сандуковский встречалась преимущественно в юго-западных губерниях — Волынской, Подольской, Киевской, а также среди поляков, переселившихся в Сибирь после восстаний XIX века. Встречаются и более поздние разночтения в написании: Сандуковский, Сандуковской (устаревшая форма), а также украинизированный вариант Сандуківський. Носители фамилии могли быть как мелкопоместной шляхтой, владевшей хутором Сандуки, так и крестьянами, получившими фамилию по названию родной деревни при переписи.

По сути, Сандуковский — фамилия, которая сразу отвечает на вопрос «откуда родом?». Она не хранит тайны забытого ремесла или редкого имени, но зато чётко указывает на конкретное место на карте, где жили предки человека, носившего эту фамилию.