Фамилия Санковская почти наверняка имеет два независимых источника происхождения, и оба они восходят к личному имени или прозвищу. Первая и наиболее вероятная версия связывает её с просторечной формой Санко от канонического имени Александр (в переводе с греческого — «мужественный»). В русской традиции имена в разговорной речи часто усекались, и от формы Санко закономерно появились отчества и фамилии на -ов/-ев. В «Ономастиконе» С.Б. Веселовского зафиксировано раннее упоминание: Санков Иван, крестьянин, 1640 год, Тихвин. Это подтверждает, что основа Санко бытовала в северных землях уже в первой половине XVII века. Однако фамилии с суффиксом -ский, как правило, формировались позже и по другой модели, поэтому прямое родство с тем тихвинским крестьянином маловероятно, хотя и исключать его полностью нельзя.

Вторая версия, более правдоподобная для окончания -ская, — территориальная. Такие фамилии обычно указывали на место, откуда человек родом. Санковская могла образоваться от названия посёлка Санково в Грайворонском районе Белгородской области или одноимённого села в Тейковском районе Ивановской области. Основатель рода, вероятно, был выходцем из одного из этих мест, и его потомки закрепили за собой прозвание «санковский», то есть «приехавший из Санково». Само название поселения, в свою очередь, скорее всего, восходит к нарицательному «сани» — зимней повозке на полозьях. Слово это — одно из древнейших в русском языке, и вокруг него сложилось множество поговорок: «Готовь летом сани, а зимою телегу», «Не в свои сани не садись», «Телега хлеб в дом возит, сани на базар». Не исключено, что Санково получило имя от человека с прозвищем Санки или от промысла, связанного с изготовлением саней, но это лишь предположение.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: от топонима Санково через суффикс -ск- и окончание -ая образована форма женского рода, тогда как мужской вариант — Санковский. В дворянской и священнической среде такие фамилии были особенно распространены в XVIII–XIX веках, но у крестьянства они встречались реже и обычно указывали на переселенцев. Окончательно определить, какая из версий верна для конкретной семьи, можно только через глубокие генеалогические изыскания: изучение метрических книг, ревизских сказок и писцовых документов. Без них мы можем лишь уверенно говорить о двух возможных путях возникновения фамилии — от личного имени Санко или от географического названия Санково. Оба варианта имеют право на жизнь, и выбор между ними зависит от того, где именно проживали предки носительницы фамилии.