Фамилия Саньковская — это вариант женского рода от мужской формы Саньковский, и её происхождение почти наверняка связано с географическим названием. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образуются от имени или прозвища отца, суффикс -ский в основе указывает на дворянскую или шляхетскую традицию: так называли владельцев поместий или выходцев из определённой местности. Иными словами, первый носитель фамилии Саньковский, скорее всего, либо владел селом Саньково, либо происходил оттуда.

Сам топоним Саньково встречается в России и Беларуси неоднократно — в Смоленской, Брянской, Минской областях. В основе названия лежит уменьшительная форма личного имени Александр — Санька. В старину Александр было одним из самых распространённых имён, и его народные варианты (Саня, Саша, Шура) дали целый куст фамилий: Санин, Сашков, Шурин, а также Саньков. Село Саньково, таким образом, могло получить имя по первопоселенцу или владельцу — некоему Саньке.

Суффикс -ск- в фамилии Саньковская — типичная примета польской и западнорусской ономастики. В Речи Посполитой фамилии на -ский носили в основном шляхтичи, и после разделов Польши эта модель закрепилась в западных губерниях Российской империи. Поэтому носительницы фамилии Саньковская с высокой вероятностью имеют корни в белорусских, украинских или смоленских землях, где такая форма указывала на дворянское или однодворческое происхождение.

Встречается также версия, что фамилия могла образоваться от прозвища Санько (украинская или белорусская форма имени Александр) напрямую, без промежуточного топонима. В этом случае Саньковский — это «сын Санька», а суффикс -ский добавили для «благородного» звучания, что было нередко в среде казачьей старшины и мещанства. Однако в русской традиции для прямого отчества использовали бы форму Саньков, без -ск-, поэтому версия с географическим названием остаётся основной.

Сегодня фамилия Саньковская встречается нечасто и сосредоточена в основном в западных регионах России, Беларуси и на востоке Украины. Она не имеет отношения к святым или церковным именам — это чисто бытовая, «земная» фамилия, которая связывает её носительницу с конкретным местом и человеком по имени Александр.