Фамилия Саньков образована от народной формы крестильного имени Александр. В переводе с греческого это имя означает «мужественный; защитник людей», и на Руси оно было одним из самых распространённых. От него произошло множество уменьшительных и обиходных вариантов: Шура, Саша, Саня, а также Санек — именно эта форма и легла в основу фамилии.

Суффикс -ов в фамилии указывает на принадлежность: Саньков буквально значит «сын Санька», то есть потомок человека, которого в быту звали Санек. Такая модель образования типична для русских фамилий, сложившихся в XV–XVII веках, когда прозвища и домашние имена переходили в наследственные фамилии.

Интересно, что фамилия Саньков не единственная в этом ряду. От тех же корней возникли Санькин, Санечкин, Сашков, Сашин, а от полной формы — Александров. Но если Александровы чаще встречались в среде духовенства и дворянства, где использовали полное имя, то Саньковы, скорее всего, происходят из крестьянской или посадской среды, где в ходу были краткие обиходные формы.

Встречается и другой вариант происхождения, хотя он менее правдоподобен. В некоторых говорах «санька» могли называть сани или повозку, но такая трактовка не подтверждается устойчивой традицией прозвищ. Основная версия — от имени Санек — выглядит убедительнее, поскольку имена-основы для русских фамилий встречаются в подавляющем большинстве случаев.

Фамилия Саньков распространена преимущественно в центральной России и Поволжье, что согласуется с ареалом бытования имени Александр в его просторечных формах. В документах XVII века упоминаются крестьяне и служилые люди с такой фамилией, что подтверждает её давнюю историю в непривилегированных сословиях.