Фамилия Санькина образована от имени Санька — просторечной, обиходной формы крестильного имени Александр. В русской традиции суффикс -к- превращал полное имя в уменьшительно-ласкательное или, как в случае с Санькой, в бытовое, почти нейтральное прозвище. Модель здесь самая распространённая для женского варианта фамилии: основа на согласный плюс суффикс -ин. Санькина буквально означает «дочь (или жена) Саньки».

Интересно, что в этой фамилии нет суффикса -ов/-ев, который присоединяют к основам на твёрдый согласный (Александров). Санька заканчивается на -а, а значит, по правилам русской грамматики фамилия получила -ин, как, например, Пушкина или Ильина. Это сразу указывает на то, что исходное прозвище было женским по форме? Нет, наоборот: Санька — мужское имя, а суффикс -ин здесь показывает принадлежность к роду: «чей?» — Санькин.

Поскольку Александр — одно из самых частых имён в России, фамилии от его производных (Санин, Сашков, Шурин, Алексашин) встречаются повсеместно. Санькина не исключение: её корни могут быть в любой местности, где говорили по-русски. Однако есть одна деталь: в южных и западных говорах форму Санька могли использовать и как самостоятельное имя, а не только как сокращение от Александра. Поэтому в некоторых случаях фамилия могла закрепиться за человеком, которого в деревне звали просто Санька, без связи с полным именем.

Сословного барьера у фамилии не было. Санькины могли быть крестьянами, мещанами, реже — купцами. В документах XVIII–XIX веков эта фамилия встречается в переписных книгах Тверской, Ярославской и Рязанской губерний. Никаких дворянских родов с такой фамилией не известно — в родословных книгах её нет.

Однокоренные фамилии — Саньков, Санечкин, Санин, Сашков. Санькина отличается именно суффиксом -ин и женским окончанием, которое в современном русском языке закрепилось за женщинами. Мужской вариант — Санькин.