Фамилия Санькин восходит к каноническому мужскому имени Александр, которое в переводе с греческого означает «мужественный; защитник людей». Это имя имеет ряд производных форм, одна из которых — Санька — и легла в основу данной фамилии. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Санька, со временем получил фамилию Санькин.