Фамилия Саппунов — редкий пример, где исходное слово почти стёрлось, а фамилия сохранилась. На первый взгляд она похожа на «Сапун» или «Сапунов», но двойное «п» и второй корень «-ун» указывают на другую историю.

Скорее всего, основа — «саппун» или «сапун». В русских говорах «сапун» — это тот, кто сопит, тяжело дышит, или же прозвище человека с хриплым голосом. Суффикс «-ун» в русских фамилиях часто образовывал прозвища от глаголов: «крикун» → Крикунов, «ворчун» → Ворчунов. «Сапун» — от «сапать» (сопеть, пыхтеть). Двойное «п» в написании могло закрепиться из-за ошибки в документах или под влиянием диалектного произношения, где звук произносили с придыханием. Альтернативная версия — тюркское происхождение, от слова «сап» (рукоятка, основа) с добавлением «-ун», но это менее вероятно для русской фамилии с суффиксом «-ов».

Географически фамилия нечастая, её носители встречаются в центральных и южных областях России, где были распространены прозвища по физиологическим особенностям. В документах XVIII–XIX веков такие фамилии закреплялись за крестьянами и однодворцами, реже — за мещанами. Сословная принадлежность предков Саппуновых, скорее всего, была крестьянской или казачьей, но точных данных по конкретным родам нет.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Сапунов, Сапунков, Сапуненко — показывает, что Саппунов стоит особняком из-за двойной согласной. Это могло возникнуть при записи фамилии в церковной книге, когда писарь на слух передал «Сап-пун-ов» как более чёткое произношение. В ономастике такие случаи называют «гиперкоррекцией» — попыткой записать слово точнее, чем оно звучало в говоре.

В итоге: фамилия Саппунов образована от прозвища Сапун (сопящий, хриплый) с помощью патронимического суффикса «-ов». Двойное «п» — особенность написания, не меняющая смысла. Предки, вероятно, были людьми с характерной манерой дыхания или голосом, что и дало начало фамилии.