Фамилия Саутенко образована от мирского имени Саута, которое восходит к диалектному сибирскому слову «саутка» — так называли утку-савку. Это типичная для дохристианской Руси модель: ребёнку давали нецерковное имя-оберег по названию птицы, веря, что природа примет его как своего и наделит качествами избранного представителя фауны. Поэтому потомок человека по имени Саута со временем стал Саутенко.

Суффикс -енко указывает на украинское происхождение фамилии и означает «сын» или «потомок». В этой модели имя отца превращалось в фамилию рода: Саута → Саутенко, то есть «Саутин сын». Такие фамилии массово закреплялись на территории современной Украины и юга России в XVI–XVII веках, когда патронимические прозвища переходили в наследственные.

Сама основа имени любопытна. Утка-савка — ныряющая птица с характерной клиновидной головой, в Сибири её звали именно «сауткой». Для славянской традиции имянаречения это редкий случай: чаще встречаются сокол, ворон, лебедь, а вот утиная ветвь имён сохранилась в меньшем числе фамилий. Ближайшие аналоги — Саутин, Саутов, Саутьев, которые расходятся по разным регионам, но держатся одного корня.

Версия о птичьем происхождении — основная, но не единственная. В южнорусских говорах слово «саут» могло означать медлительного, неповоротливого человека, а в некоторых областях — ворчливого. Однако это значение вторично и, скорее всего, развилось уже от названия птицы: утка-савка ходит вперевалку, что и дало повод для переносного смысла. Поэтому связывать фамилию с характером предка можно лишь опосредованно.

В письменных источниках фамилия встречается преимущественно в документах XIX века по Харьковской, Полтавской и Курской губерниям. Это подтверждает ареал: украинская модель на -енко здесь соседствует с русским диалектным словом, что типично для пограничья. Носители фамилии — потомки крестьян и казаков, у которых мирские имена дольше удерживались в быту, чем у дворянства.

Отдельного внимания заслуживает написание. В старых метрических книгах можно встретить варианты Саутенко и Савутенко — последний возникает из-за народной этимологии, когда непонятное «саут» подтягивали к более знакомому «савка». Это не ошибка писаря, а живой процесс адаптации имени, который продолжался до начала XX века.