Фамилия Сайковски — яркий пример фамилии, образованной по польской модели, и её происхождение почти наверняка связано с географическим названием. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев или -ин, суффикс -ски (-ский) в польской традиции указывал на дворянское или шляхетское происхождение и привязывал человека к месту, которым он владел или откуда был родом. В основе фамилии Сайковски лежит топоним — скорее всего, название населённого пункта вроде Сайково (Sajkowo) или Сайки (Sajki). Такие названия встречаются в Польше и на землях бывшей Речи Посполитой, включая современные Беларусь и Украину.

Корень «Сайк-» (Sajk-) может восходить к личному имени или прозвищу. Одна из версий связывает его с польским словом «sajka» — так в старину называли разновидность верхней одежды, кафтан или армяк. В таком случае прозвище Сайка мог получить человек, носивший такую одежду, торговавший ею или шивший её. От этого прозвища и пошло название деревни Сайково, а уже от неё — фамилия её владельцев или жителей: сначала пан Сайковски, а затем и его потомки.

Другая, менее популярная версия, выводит корень от древнепольского «sajka» в значении «сойка» (птица). Прозвище Сойка давали говорливому или крикливому человеку, и оно тоже могло лечь в основу названия поселения. Однако связь с одеждой выглядит более убедительной, так как в польской ономастике прозвища от предметов быта встречаются чаще, чем от названий птиц, и дают более устойчивые топонимы.

Написание фамилии — Сайковски, а не Сайковский — выдает либо её носителя за пределами Польши (в эмиграции или при адаптации в другой стране), либо указывает на то, что фамилия была записана в русской транскрипции, где окончание «-ский» иногда сокращали до «-ски» для упрощения. В самой Польше фамилия выглядит как Sajkowski и встречается в основном в центральных и восточных воеводствах. Таким образом, носитель фамилии Сайковски с высокой вероятностью имеет польские корни, а его предки были либо шляхтичами, владевшими имением Сайково, либо крестьянами, переселившимися оттуда и взявшими название родной деревни.