Фамилия Седенько — характерный пример украинской модели фамилий на -енко, самой распространённой на Левобережной и Степной Украине. Суффикс -енко в XVII–XVIII веках обозначал «маленький», «сын» или «потомок» того, кто назван в основе. То есть Седенько — это буквально «сын Седого» или «потомок Седого».

Основа фамилии — прозвище Седой. В русских и украинских говорах так называли человека с седыми волосами, причём не обязательно старого: седина могла появиться рано, и прозвище закреплялось за молодым человеком. Иногда «седым» называли бледного или светловолосого, но основное значение — цвет волос, утративший пигмент.

Интересная деталь: в отличие от русских фамилий на -ов/-ев (Седов), украинская форма на -енко сохранила не патронимическую, а более архаичную модель именования по отцу или предку. В документах Гетманщины и Слобожанщины XVII–XVIII веков фамилии на -енко часто фиксировались у казаков, мещан и крестьян. Седенько мог быть потомком казака по прозвищу Седой.

Встречается также версия, что основа могла быть не от прилагательного «седой», а от диалектного глагола «седеть» — сидеть, быть оседлым. Но это маловероятно: для прозвища «сидячий» в украинском языке есть другие корни (Сидько, Сидяк). Наиболее правдоподобное объяснение — связь с сединой.

Географически фамилия Седенько чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков переселенцев на Кубани и в Ставрополье. В России она редка, и её носители — почти всегда люди с украинскими корнями.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Седов — русский вариант, Седых — севернорусский (родительный падеж множественного числа, указывающий на принадлежность к роду), Седлецкий — польский (от названия населённого пункта Седльце). Седенько стоит особняком как чисто украинская форма с уменьшительно-патронимическим суффиксом.