Фамилия Сегунов — редкий пример, где корень слова почти полностью скрыт за суффиксальным наращением. Если отбросить типичный русский фамильный суффикс -ов, остаётся основа «Сегун». Именно она и требует объяснения.

Скорее всего, перед нами вариант фамилии Сагунов. Звук «а» в безударной позиции в русских говорах часто переходил в «е» или «и» — явление, которое лингвисты называют «еканьем» или «иканьем». В документах XVII–XVIII веков одну и ту же фамилию могли записать по-разному: Сагунов, Сегунов, Сигунов. Корень здесь — «сагун» или «сегун». В старых русских говорах сагуном называли неуклюжего, неповоротливого человека (от глагола «сагать» — шагать, переваливаясь). Прозвище Сагун давали медлительному или грузному человеку, а его потомки становились Сагуновыми, а в некоторых регионах — Сегуновыми.

Есть и другая, менее вероятная версия. Слово «сегун» могло быть искажением тюркского «сегют» (ива, тальник) или прозвищем по месту жительства у зарослей ивы. Но для русского ономастикона связь с «сагуном» выглядит убедительнее — такие прозвища по внешности или походке встречались повсеместно.

Географически фамилия Сегунов тяготеет к центральным и южнорусским областям, где «аканье» и «еканье» были нормой. Встречается она нечасто, и это как раз тот случай, когда написание фамилии может ввести в заблуждение: по звучанию она кажется связанной с японским титулом «сёгун», но на деле уходит корнями в обычное русское прозвище, описывающее характер или манеру ходить.