Фамилия Секретный — редкий случай в русской ономастике: она образована не от имени, не от профессии, а напрямую от прилагательного «секретный». В отличие от большинства фамилий на -ов/-ев, которые указывают на принадлежность («чей сын?»), суффикс -ый здесь сохраняет форму качественного прилагательного. Это типично для фамилий, возникших в семинарской среде или среди духовенства: искусственные, «говорящие» фамилии часто давали воспитанникам духовных училищ по их характеру, внешности или просто ради благозвучия.

Слово «секретный» в XVII–XIX веках имело более широкий смысл, чем сегодняшний «тайный, засекреченный». В народной речи «секрет» означал не только тайну, но и хитрость, скрытность, уединённое место. Прозвище Секрета или Секретный могли дать человеку скрытному, неразговорчивому, либо тому, кто любил держать всё при себе. В отдельных говорах «секрет» — ещё и западня, ловушка, так что прозвище могло относиться к хитрому, изворотливому человеку.

Основная версия происхождения фамилии — искусственное образование в среде русского духовенства. В XVIII–XIX веках семинаристам нередко давали фамилии по латинским или церковнославянским корням, а также по необычным русским словам, чтобы подчеркнуть индивидуальность. Секретный мог появиться как аналог латинского Secretus (тайный, отдельный) — такие фамилии были модны в семинариях, особенно в южных и центральных губерниях.

Менее вероятна, но возможна версия отчества от мирского имени Секрет. В русских деревнях встречались некалендарные имена-прозвища: Секрет (по поведению), Секретарь (по должности). От них могли образоваться фамилии Секретов, Секретарёв. Форма Секретный — более редкая и книжная, что подтверждает её семинарское происхождение.

Географически фамилия встречается единично, без выраженного ареала. По данным переписей, носители Секретных рассеяны по Центральной России и Поволжью, что типично для поздних искусственных фамилий, не привязанных к конкретной местности. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована — скорее всего, её носили священники, причетники или мещане.

Интересная деталь: в XIX веке фамилия могла писаться через «ять» — Секрѣтный, но это орфографический вариант, не менявший значения. В современном русском языке она звучит как отголосок эпохи, когда фамилию могли дать не по отцу, а по внутреннему качеству или даже по случайной прихоти семинарского наставника.