Фамилия Секретная звучит загадочно, но её происхождение прозрачнее, чем кажется. Основа — слово «секрет», которое в русских говорах имело не только современное значение «тайна», но и более конкретные, бытовые смыслы. В некоторых регионах секретом называли потайной карман, скрытое место в доме или хитроумный запор. Прозвище Секрет могли дать человеку скрытному, неразговорчивому либо, напротив, тому, кто любил держать всё под контролем и знал все тайны окружающих.

Модель образования — типичная для русских фамилий через суффикс -н- и окончание -ая, что характерно для прилагательных, часто встречающихся в южных и западных регионах России, а также среди казачества. Фамилия Секретная — женская форма; мужской вариант — Секретный. Такие фамилии нередко фиксировались в среде духовенства и мещан, где прозвище или мирское имя превращалось в родовое имя без дополнительных патронимических суффиксов.

Ономастический словарь Б. Унбегауна не содержит прямого упоминания этой фамилии, но по аналогии с другими «секретными» фамилиями (например, Секретов, Секретарёв) можно предположить, что исходное прозвище было связано не с государственной тайной, а с личными качествами или профессией. В XVIII–XIX веках секретарями называли письмоводителей, а «секрет» в народе — ещё и вид женского головного убора, что добавляет ещё одну версию: фамилию могли дать мастерице, изготовлявшей такие уборы, или женщине, носившей их.

Географически фамилия редкая, преимущественно встречается в центральных и южных губерниях Российской империи, а также на Украине. В современных базах данных носители фамилии Секретная рассеяны по всей России, но наибольшая концентрация — в Краснодарском крае и Ростовской области, что косвенно подтверждает казачье или крестьянское происхождение. Таким образом, Секретная — не мистическая, а вполне земная фамилия, родившаяся из бытового прозвища или названия ремесла.