Фамилия Семеновкер — одна из тех, что сразу выдают ареал происхождения. Её суффикс -кер однозначно указывает на идиш (немецкий суффикс -er в ашкеназских фамилиях). Такие фамилии массово возникали в черте оседлости Российской империи в XIX веке, когда еврейское население обязали брать фамилии. Семеновкер — это типичная топонимическая фамилия: её основа — название местечка или города. Скорее всего, это Семёновка. Населённых пунктов с таким именем в черте оседлости десятки: в Черниговской, Полтавской, Херсонской, Екатеринославской губерниях, а также в Бессарабии. Предок носителя фамилии был выходцем из одной из этих Семёновок, и при переписи или записи в метрическую книгу его обозначили «Семеновкер» — то есть «тот, кто из Семёновки».

Словообразовательная модель проста: к названию места на -овк- (Семеновк-а) прибавили суффикс принадлежности -ер. По тому же принципу построены фамилии Кременчукер, Бердичевкер, Златополькер. Интересно, что в русском языке этот суффикс фамилий не образует — он целиком заимствован из немецкой модели (Berliner, Hamburger). Поэтому Семеновкер звучит как «чужак» для русского уха, но абсолютно нормально для восточноевропейской еврейской ономастики.

Версия о происхождении от имени Семён (через отчество) маловероятна. Для отчества по-еврейски использовали бы суффикс -ович или -сон (Семёнович, Семенсон), а не -кер. Также не стоит путать фамилию с русскими фамилиями на -ов, вроде Семенов — они образованы совсем по другой модели и не имеют отношения к Семеновкер. Географическая привязка здесь сильнее антропонимической.

Сведений о сословной принадлежности первых носителей нет, но можно предположить, что это были мещане или купцы: топонимические фамилии на -кер часто давали людям, переехавшим из местечка в более крупный город, где требовалось точное указание происхождения. Фамилия редкая, встречается в основном среди потомков выходцев из Украины и Беларуси.