Фамилия Семиненко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVII–XVIII веках стала доминирующей на Левобережной и Слободской Украине. Суффикс -енко изначально имел значение «маленький», «сын» или «ученик», поэтому Семиненко буквально означает «сын Семёна» или «потомок Семёна». Это отчество, застывшее в фамилии, и в этом смысле она родственна великорусским фамилиям Семёнов, Семин, Семеновский, но с другим оттенком — указывает не на принадлежность (чей?), а на происхождение (чей сын?).

Основа фамилии — имя Семён, русская форма канонического имени Симеон (др.-евр. «шема» — «услышанный»). В народе имя часто произносили как Семин, отсюда и базовая форма Семиненко, а не Семёненко. В украинской традиции имя могло звучать как Семін, что давало бы вариант Семіненко, но в русской передаче закрепилось написание через «и». Интересно, что фамилия Семиненко встречается и у русских, и у украинцев, но её географическое ядро — южные области России (Краснодарский край, Ростовская область) и восток Украины. Это объясняется тем, что в XIX веке фамилии на -енко активно выносились за пределы Украины вместе с переселенцами.

Спорных версий у этой фамилии почти нет: корень прозрачен, суффикс типичен. Редкое исключение — возможная связь с прозвищем Семеня, которое могло означать «семенящий» (мелко шагающий), но это маловероятно, так как суффикс -енко в таких прозвищах почти не употреблялся. Социальный контекст: фамилии на -енко в XVIII веке носили преимущественно казаки и крестьяне, реже — мещане. Дворяне на Украине чаще брали фамилии на -ский или -вич. Поэтому Семиненко — типичная фамилия казацкого или крестьянского рода, где имя Семён передавалось из поколения в поколение.