Фамилия Сенякаева — женская форма фамилии Сенякаев. В основе, скорее всего, лежит прозвище или нецерковное имя Сеняка. Это уменьшительно-ласкательный вариант от имени Семён (в народной форме Сеня) с помощью суффикса -як-, который в русских говорах придавал слову разговорный или даже пренебрежительный оттенок. Сравните: Ваня — Ваняка, Коля — Коляка. Человек по прозвищу Сеняка мог быть либо младшим в семье Семёном, либо обладателем какой-то яркой черты, связанной с именем.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным словом «сеняка». В некоторых говорах так называли сеновал или место, где хранят сено. Тогда прозвище Сеняка мог получить крестьянин, работавший на сенокосе или живший рядом с сенным сараем. Однако эта версия слабее, потому что суффикс -як- в названиях профессий и помещений встречается реже, чем в личных именах (ср. «рыбак», «чудак», но не «сеняк»).

Сама модель Сеняка + -ев — типичная для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Суффикс -ев (а не -ов) указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий или шипящий согласный. Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская, так как образована от просторечной формы имени, а не от церковной. Географически фамилия редкая, встречается в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает её народное происхождение: в центральных губерниях такие фамилии часто вытеснялись более «благородными» вариантами.