Фамилия Синякаева — женская форма фамилии Синякаев, и её разбор стоит начать с мужского варианта, чтобы добраться до корня. Синякаев образована по стандартной для русских фамилий модели: к основе Синяк- добавлен суффикс -аев, который является фонетическим вариантом -ев (после твердого согласного или шипящего). Суффикс -ев указывает на принадлежность: Синякаев — это «сын Синяка» или «из рода Синяка».

Сама основа — прозвище Синяк. В русской ономастике прозвище Синяк могло иметь несколько источников. Самое прямое — человек с заметной родинкой, синюшным пятном на коже, шрамом или гематомой. Такие внешние приметы часто становились прозвищами, которые потом закреплялись в фамилиях. Вторая версия, не менее вероятная, — происхождение от диалектного слова «синяк» в значении «синеглазый» или «человек с синими глазами». В псковских и тверских говорах «синяк» — это и василек, и человек с синевой в облике. Третья, более редкая гипотеза — связь с названием гриба-синяка или растения, но она менее убедительна, так как прозвища по растениям чаще давали по сходству с ними, а не по цвету.

Модель с суффиксом -аев характерна для фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей. Фамилия Синякаев не относится к дворянским или княжеским — её носители, скорее всего, были из крестьян, ремесленников или служилых людей «по прибору» (стрельцов, казаков). Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям России: в переписях XIX века Синякаевы встречаются в Тамбовской, Рязанской, Пензенской губерниях. Встречается и вариант без суффикса — Синяков, но Синякаев с более архаичным -аев сохранился реже.

Важная деталь: в некоторых документах XVIII–XIX веков фамилию могли записать как Синякаевъ, с твёрдым знаком на конце, что указывает на дореволюционное правописание. Женская форма Синякаева не меняет корня, но в быту могла склоняться как обычное прилагательное. Если искать однокоренные фамилии, то к той же основе восходят Синяков, Синягин, Синявский — все они так или иначе связаны с прилагательным «синий» или прозвищами по цвету.