Фамилия Синякаев — одна из тех, где в основе лежит не имя, а прозвище, причём с довольно прозрачной этимологией. Корень здесь — «синяк», то есть синее пятно на коже от ушиба или, в переносном смысле, название растения (василёк или синеголовник), а также гриба-синяка. В старину прозвище Синяк могли дать человеку с заметной родинкой, смуглой или синеватой кожей, либо тому, кто часто попадал в драки и ходил в синяках. Реже — по месту жительства у синего (тёмного) леса или болота.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе «Синяк» добавили суффикс -аев. Это вариант патронимического суффикса -ев, но с характерным для южнорусских и некоторых поволжских говоров наращением «а» перед ним. В отличие от стандартного «Синяков» (где суффикс -ов), форма «Синякаев» встречается реже и чаще фиксируется в регионах, где было распространено «аканье» и фамилии на -аев образовывали от прозвищ с мягкой или шипящей основой. Фактически, Синякаев — это «чей-то сын» или «потомок Синяка».

Любопытно, что у фамилии есть параллельная форма — Синякин, образованная от того же корня, но по другой модели. Если Синякаев тяготеет к южным областям (например, Курская, Воронежская губернии), то Синякин чаще встречается на севере и в центральной России. В XIX веке фамилия Синякаев не была массовой: она встречалась в основном среди крестьян и однодворцев, что указывает на её простонародное, недворянское происхождение.

Сегодня носители фамилии живут в разных частях страны, но её корень остаётся говорящим. Человек по фамилии Синякаев вряд ли задумывается, что его предок мог быть либо драчуном, либо обладателем яркой внешности, либо жителем урочища с характерным названием.