Фамилия Сеняхин образована с помощью суффикса -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность к предку по его имени или прозвищу. Основа здесь — Сеня, уменьшительная форма сразу от нескольких полных имен: Семён (каноническое Симеон), Серафим, Сенесий или даже Арсений. В быту XVI–XIX веков Сеней могли звать любого из них, поэтому за точным именем предка без родословной не угадаешь, но самое вероятное — Семён, самое распространенное имя в крестьянской среде, дававшее десятки производных фамилий.

Суффиксальная модель -ин типична для фамилий, образованных от слов мужского рода на -а/-я: Сеня → Сеняхин. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Сеня́хин, хотя в некоторых говорах могли ставить на первый: Се́няхин. Вариант написания с буквой «ё» (Сеняхин vs. Сенёхин) не зафиксирован как массовый, но в диалектах возможен, если в основе лежало прозвище Сенёха — экспрессивная форма от того же Сени.

Прозвищный след тоже нельзя исключать. «Сеней» в русских говорах иногда называли сонного, вялого человека (от глагола «сеня» — дремать), но это редкое значение, и оно уступает по частотности именному. Географически фамилия встречается рассеянно: отдельные семьи в Поволжье, на Урале и в центральных областях, но не образует плотных гнёзд, как, например, Семёновы или Сенины. В дореволюционных переписях Сеняхины — преимущественно крестьяне и мещане, дворянских родов с такой фамилией не отмечено.

Сравнение с однокоренными фамилиями показывает, что Сеняхин — редкий вариант на фоне массовых Сениных, Сенькиных и Семёновых. Суффикс -ах-/-ях- в основе встречается реже: он придаёт фамилии оттенок просторечной ласкательности или, наоборот, пренебрежительности, смотря по региону. В итоге перед нами типичная русская «отчествообразная» фамилия, которая говорит, что предка звали Сеней, а конкретное имя — Семён или, в меньшей степени, Арсений — остаётся загадкой без архивных документов.