Сергуня - уменьшительно-ласкательная форма имени Сергей (в каноническом прочтении Сергий), которое образовано от латинского «сергиус» - «высокочтимый, высокий». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Сергуня, со временем получил фамилию Сергуняев.