Фамилия Сергуняев — это классический пример того, как простонародная форма имени превратилась в устойчивое родовое прозвание. В её основе лежит уменьшительно-ласкательная форма Сергуня, которая в старину была распространённым обиходным вариантом имени Сергей (в церковном, каноническом прочтении — Сергий). Само имя восходит к латинскому родовому имени Sergius, которое, по наиболее принятой версии, переводится как «высокочтимый» или «высокий». Так что человек по имени Сергуня был, по сути, «высокочтимым», а его потомки, отвечая на вопрос «чьи вы будете?», говорили: «Сергуняевы», то есть дети и внуки Сергуни.

Словообразовательная модель здесь прозрачна и типична для русских фамилий. К основе Сергун- последовательно добавили суффикс принадлежности -яев (через промежуточную форму отчества Сергуняев сын). Такой путь — от ласкательного имени через отчество к фамилии — прошли тысячи русских родов. Интересно, что форма Сергуня не единственная в этом ряду: от того же Сергея образовались Сергушин, Сергунчиков, а также фамилии с основой Сергун- (Сергунов, Сергуньков). Все они — «родственники» Сергуняева, и все они фиксируют живую, разговорную традицию именования, которая была куда разнообразнее официальных святцев.

Стоит обратить внимание и на суффикс -яев. Он встречается реже, чем привычные -ов или -ин, и часто указывает на северорусское или, реже, среднерусское происхождение фамилии. В северных говорах ласкательные формы имён с окончанием на -я (Сергуня, Ваня, Митя) активно использовали в быту, и отчества от них закреплялись легче, чем в южных регионах, где предпочитали формы на -о (Сергий, Сергейко). Поэтому можно предположить, что корни рода Сергуняевых уходят в районы Русского Севера или Поволжья, где такие формы имени были особенно ходовыми.

Сама фамилия фиксирует не ремесло и не прозвище, а именно имя предка. Это древнейший и самый распространённый тип русских фамилий: их давали по отцу или деду, и они не несли никакой сословной окраски. Сергуняевы могли быть и крестьянами, и посадскими людьми, и служилыми — фамилия не указывает на социальный статус. Она лишь говорит о том, что основатель рода носил имя Сергей в его ласковой, домашней форме, и эта форма оказалась настолько привычной, что пережила века.

В написании фамилии возможны варианты: Сергуняев и Сергунеев. Оба они встречаются в документах, и оба восходят к одной основе, поскольку безударное «я» в суффиксе часто произносилось как «е». Это не ошибка, а естественное колебание письменной традиции, которое не меняет ни происхождения, ни значения фамилии.